Начинала музыкальное образование в Средней специальной музыкальной школе при Воронежском Государственном институте искусств. Закончила 2-ое Московское областное музыкальное училище имени С.С. Прокофьева по двум специальностям – по классу флейты в 2001 (Педагог – Сизов А.С.) и по специальности «Сольное пение» в 2002 г. (Педагог – Сурма Л.Н.).
Высшее образование по классу флейты получила в ГМПИ имени Ипполитова-Иванова (2001-2006). Педагог – профессор Корнеев А.В. По вокалу – ГКА имени Маймонида (2004- 2009). Педагог – доцент Саркисян Л.А. Там же обучалась в аспирантуре по специальности Музыковедение (2009-2012), где написала квалификационное исследование на тему "Штриховая техника в вокальном исполнительском искусстве" (научный руководитель, профессор Консон Г.Р.).
Кроме того, в эти годы она принимала участие во многих творческих и образовательных проектах:
В Летней Академии в городе Байя (Венгрия 2002, 2003 гг.), в мастер-классах профессоров А. Адориана, Б. Чалога, Н. Хазельзета, П. Ив Арто, О. Николе, в Курсах повышения квалификации А.Л. Гофмана (2004). В 2012в Мастер-классах по вокалу: Ива Сёренсон фон Греттен (Швеция).
2008-2009 Стажер по специальности «Флейта» в МГК им. П.И. Чайковского. Класс Голышева А.М.
Уже 18 лет Елена Владимировна преподает, и 11 из них – в ДМШ им. М.М.Ипполитова-Иванова (г. Москва) среди ее учеников – неоднократные лауреаты и дипломанты всероссийских, международных и интернет-конкурсов. Такой продолжительный педагогический опыт и образование по двум специальностям позволили создать ей «Методику резонансной игры на флейте», которая заслужила большой отклик среди флейтистов-профессионалов. Её ученики поступают в средние, высшие учебные заведения, как в России, так и за рубежом; являются солистами музыкальных театров и антреприз г. Москвы. Ежегодно она проводит образовательные мастер-классы, принимает участие в жюри конкурсов, тестирует инструменты различных марок, ведет плодотворную научную и методическую работу. В 2012 году Елена стала заведующей отделом духовых и ударных инструментов ДМШ им. М.М.Ипполитова-Иванова, а так же педагогом по вокалу этой же школы.
По второй специальности Е. Исаева работала в оперной студии ГКА имени Маймонида, как приглашённый педагог ГИТИСа на курсе Романа Виктюка, также являлась музыкальным руководителем Академии Детского Эстрадного Искусства (г. Москва).
Елена Исаева ведёт активную концертную деятельность. Она – солистка музыкального общества имени М.И. Глинки, солистка ансамбля барочных мандалин "Il Liutini Consort di Mosca", является участником и победителем Международных конкурсов и фестивалей. Одним из последних достижений стало получение почётного звания Дипломанта Международного конкурса камерной музыки Елены Образцовой памяти испанской певицы Кончиты Бадиа (г. Санкт-Петербург, август 2014).
С 2015 г. Е. Исаева стала преподавателем Московского Флейтового Центра, о котором говорит много теплых слов: «Московский Флейтовый Центр для меня – это платформа творческих решений, эксклюзивная площадка для экспериментов и инноваций, территория свободы! Здесь чувствуется дух творчества и любви к инструменту, готовность поделиться знаниями и опытом.